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维生素和矿物质对胚胎死亡率和畸形的影响是有案可稽的。种鸡日粮需要补充添加维生素和矿物质，因为饲料来自ISO、HACCP和GMP认证公司，所以现今维生素和矿物质缺乏情况相对不常见，一般都会添加可靠来源的维生素和矿物质预混剂。但是，偶尔问题也会出现，现将营养研究和实地观察的主要发现说明如下：

未受精可能与维生素A、维生素E或硒缺乏有关，尤其在公鸡日粮中。

早期胚胎死亡可能与维生素A（没有形成循环系统）、维生素E（循环衰竭）、生物素、烟酸、泛酸、铜、硒和硫胺缺乏有关。过量硼或钼可提高早期死亡的比例。

中期胚胎死亡与维生素B12、核黄素、磷和锌缺乏有关。

中期到晚期胚胎死亡 与维生素B12、烟酸、维生素B6、泛酸和核黄素缺乏有关。

晚期胚胎死亡 与维生素B12、维生素D、维生素E、维生素K、泛酸、核黄素、叶酸、生物素、钙、锰、镁、磷、锌、碘和维生素B1缺乏有关。硒过量会增加晚期死亡比例。

碘和维生素D过量可导致胚胎损失高。

对产蛋量和孵化率的补充规定不同。禽蛋产量可以通过能源不足的影响，必需氨基酸，维生素A，维生素B6（B6的），维生素B12，镁，锰，钠，碘，锌，维生素D，钙，磷，锌，而缺陷可能造成的影响通过对孵化率壳品质的效果。

补充硒很难达到最佳水平，因为根据地理位置土壤中硒的水平存在变化（因此植物饲料中硒也会变化）。在有些情况下，使用有机硒会改善受精率和孵化率。

长期维生素B12或烟酸不足，在孵化早期到晚期胚胎死亡率可能会发生变化。烟酸从色氨酸形成，所以不足通常是与其他营养成分拮抗的结果。亚油酸缺乏对各阶段胚胎都会产生影响。

维生素和矿物质用于蛋生产和孵化的添加需求不同。蛋生产可受能量、必须氨基酸、维生素A、维生素B6、B12、锰、镁、钠、碘和锌缺乏影响，同时维生素D、钙、磷或锌会对通过影响蛋壳质量影响孵化率。

粗蛋白过多会降低受精率且低能量蛋白比会降低孵化率。

种鸡日粮污染离子载体抗球虫药（来自饲料厂）或者某种霉菌毒素（来自原料）也会导致孵化率降低。

在晚期胚胎中的有些特殊畸形与下列养分缺乏有关：

• 维生素B12（短喙、腿部肌肉发育差、骨短粗症、早期鸡死亡）
• 维生素D（生长迟缓、软骨、上喙缩短）
• 维生素E（鸡雏孵出后出血）
• 维生素K（晚期死亡水平高、内脏异位以及晚期死亡胚胎出血）
• 生物素（腿、脚和翅膀扭曲，喙弯曲（鹦鹉嘴）
• 叶酸（弯曲腿、鹦鹉嘴）
• 烟酸（面部畸形、无喙）
• 泛酸（皮下出血，畸形羽毛）
• 核黄素（矮小、脚趾卷曲、水肿、结节状绒毛）
• 碘（肚脐不完全闭合，延长孵化时间）。
• 铁（贫血、苍白色循环系统）
• 锰（腿短骨、肌腱下滑、鹦鹉嘴、孵化18-21天死亡、球状头部、短翅、腹部凸出、水肿）
• 锌（脊椎、四肢和头部畸形、眼小）

硼过量，如用于处理垫料的杀虫剂，会导致面部畸形，以及硒过量可导致晚期死亡、脚趾弯曲、短翅或没有喙。

如果维生素预混剂储存不当，会发生维生素活性丧失。

在制备和制粒过程期间饲料热处理会导致一些维生素降解。为了测定加热处理期间维生素降解水平，必须进行维生素复性研究。这可以调整添加水平以确保最终饲料含有理想的维生素水平。

发育畸形往往是显而易见和令人难忘的，不要过分强调其相关性一般很重要。必须铭记的是胚胎的畸形可能不仅是由于营养造成，还可能是不利的孵化条件如高温导致。因此，如果在两个或者三个连续的蛋盘中某个特征发生率很高（即大部分或全部鸡胚在孵化晚期死亡），这可能表明孵化器的孵化条件不平衡产生的位置影响。